《双十协定》刚刚签订，蒋介石就调集军队进犯解放区，遭到解放区军民坚决反击；国民党的内战政策激起国民党统治区反内战运动的掀起；国际舆论继续呼吁中国实行和平民主。11月27日，美国政府宣布调回声名狼藉的驻华大使赫尔利，任命前陆军参谋长马歇尔作为总统特使赴华“调停”国共争端。美国总统给马歇尔的调停底线是，如果蒋介石不顾美国的反对，顽固坚持以武力消灭共产党的政策，美国政府为着自己的利益最终也还得支持他。这决定了美国的调停，在本质上是不可能公允的。12月15日，美国总统杜鲁门发表美国对华政策声明，声称赞成中国“召开全国主要政党代表会议，以谋早日解决目前的内争—以促成中国之统一”。同月27日，苏、美、英三国外长在莫斯科会议上发表关于中国问题的协议，宣称：“必须在国民政府之下建立一个团结而民主的中国，必须由民主分子广泛参加国民政府的所有一切部门，而且必须停止内争。”
在上述情况下，蒋介石不得不履行承诺，同意召开政治协商会议。为避免内战，中共中央决定接受美国总统特使马歇尔的“调处”，派出以周恩来为首的中共代表团于12月16日抵达重庆，准备参加政治协商会议。中共代表团18日在记者招待会上说明了中国共产党持有的立场和观点，27日向国民政府提出立即无条件停战，以利于政治协商会议进行的书面建议。在中国共产党的争取和马歇尔的调停下，1946年1月10日，国共双方正式签订停战协定，下达停战令，并在北平建立由国、共、美三方代表参加的军事调停处执行部，负责监督执行停战协议。
政治协商会议尚未召开，在代表名额配备上就发生了激烈的斗争。重庆谈判时，本已规定参加政协的代表由国民党、共产党、民盟和社会贤达四个方面组成，每一方面9人，共36人。后来，国民党利用青年党，对民盟进行分化瓦解，以孤立共产党，硬要由三党(国家社会党、青年党、第三党)、三派(救国会、乡村建设派、中华职教社)和无党派人士为基础组成的民主政团同盟拿出5个名额给青年党。
中国共产党为避免中间派分裂，主动提出让出两个名额。周恩来等人专程到特园向民盟负责人表明这一态度，并支持民盟9个代表席位不能动、不能让步，“希望民盟坚持这个意见”。最后商定的结果是青年党单独参加政协会议，不占民盟名额，由中国共产党让出2名，国民党让出1名，总名额增加到38人，民盟维持9个名额不变。最后确定的代表是：国民党8名，共产党7名，民盟9名，青年党5名，社会贤达9名。中国共产党顾全大局，主动让出代表名额，解决民盟的名额问题，粉碎了国民党妄图通过分化和削弱民盟，操纵“多数”，以控制政协的阴谋。
1946年1月10日，在签订停战协议的当天，政治协商会议在重庆开幕。在会议参加者中，政治倾向各不相同，基本上形成了左、中、右三种政治势力。以中国共产党为代表的革命力量，力争建立一个民主联合政府；民主同盟基本上是中间势力，主张通过和平改良方法建立议会制民主的国家；国民党及其附庸(从民主同盟中分裂出去的青年党)，顽固坚持大地主大资产阶级的国民党一党专政。三种政治势力在建立什么样的国家问题上存在分歧，在会上展开了尖锐复杂的斗争。共产党同以民盟为代表的中间派，在反对国民党一党专政、反对内战、要求和平民主这些基本问题上，有着许多共同点。在会议召开之前，民盟代表同中共代表约定：双方携手合作，互相支持。
国民党虽然拉走了青年党，但却没能把民盟拆散，反而促进了民盟内部的团结，使民盟增强了对共产党的信任和感情，并决定和共产党实行全面合作，共同对付国民党的一党专政。政协会议中，民盟和共产党默契配合，互相支持，一起邀请了34位国内有声望的学者名流，组成政协代表顾问团，为民盟和中共政协代表提供咨询。不论在大会和小组会上，民盟代表和中共代表都做到了遇事商量，密切配合。
政协会议的中心议题是政治民主化和军队国家化的问题。为了能达成协议，周恩来在1月12日大会上所作的《关于国共会谈的经验教训》报告中提出具体意见：要互相承认，不要敌视；要互相商量，不要独断；要互相让步，不要独霸；要互相竞赛，不要抵消。强调这都是9年来在国共双方商谈中得出的痛苦经验和教训，诚恳希望在这次政治协商会议上能够避免。
关于政治民主化问题，国民党代表提出的方案声称不是改组，只是扩大国民政府委员会，增设若干委员，同时坚持国民党在政府委员中占有“特定的多数”；政府委员得由主席向国民党中央执行委员会提请选任；国民政府委员会属于政治指导机关，没有用人权；主席有紧急处置权，即可借口情况“紧急”，实行个人独裁。中共和民盟代表相继发言表示反对。民盟代表指出，改组政府的目的在于使国家“由一人集权制，过渡到民主集权制”“结束训政完成宪政”“各党派能参加政府”。必须遵循三项原则：以共同纲领为施政共同准绳；共同决策机构要真能决策；各方面人员参加执行机关，要真能执行。并提出七点质问，揭露国民党企图一党专政的用心。中共代表强调，改组政府应立即扩大现有政府的基础，使之成为各党派和无党派民主人士能公平而有效地参加的临时联合政府，并把政府委员会变成拥有实际用人权的机关，以委员制来代替个人独裁制。经过艰苦的协商讨论，会议通过的《和平建国纲领》明确：建立统一、自由、民主的新中国，保持国家的和平发展；规定政府委员会为最高国务机关，并拥有用人权；委员的一半由国民党以外的人士充任，而所有涉及施政纲领之变更须有出席委员的三分之二赞成始得议决。
会议通过的政府组织问题的协议明确：改组后的政府作为结束国民党的“训政”到实施宪政的过渡时期的政府，负有召集国民大会以制定宪法的任务。会议通过的宪法草案规定，立法院为相当于议会的最高国家立法机关，由选民直接选举产生；行政院为最高行政机关，并对立法院负责；立法院对行政院全体不信任时，行政院或辞职或提请总统解散立法院。还规定了中央同地方分权的原则，规定省为地方自治的最高单位，省长民选，省可以制定省宪等。这对于解放区民主政权的存在和发展提供了一种可能的保障。
在军队问题上存在着重大分歧。国民党坚持先军队国家化才能政治民主化，即必须由共产党首先交出军队，然后才能开放民主，企图以“民主”为诱饵，骗取共产党的军队。共产党认为，离开政治民主化来谈军队国家化，只能是军队的军阀化、党阀化，把作为政治民主化事业支柱的人民军队交给国民党一党专政的国家，将从根本上断送政治民主化事业。中间势力主张国共双方都交出军队，军队应立即脱离任何党派关系，而归于国家，达到军令、政令之完全统一。民盟代表还提出，任何党派的军队都要整编，不是只要一个党交出军队。为了推动谈判的进行，中共代表作了有原则的让步，提出政治民主化和军队国家化两者可以“平行前进，归于一途”。经过反复讨论，最后通过了军队属于国家，军党分立、军民分治的整军原则和以政治军的办法，决定由军事三人小组(由中共代表周恩来、国民党代表张治中、美国特使马歇尔组成)继续商定国共两党军队的整编办法，从而挫败了国民党企图取消人民军队的阴谋。
在会议进行期间，中共代表与民主同盟代表和无党派民主人士保持经常磋商，本着求同存异的精神取得共识并在一系列问题上事先协商，取得一致，并采取联合行动，同国民党展开了有理、有利、有节的斗争。
政协会议召开期间，民主建国会、民主促进会、三民主义同志联合会等民主党派，纷纷向会议提出意见或建议书，要求国民党立即结束一党专政，切实保障人民的各项民主权利。重庆各界组成了政治协商会议陪都协进会。从1月12日到27日，协进会举行了8次各界民众大会，大会从第四次起在沧白堂举行，每次到会群众均在1000人以上，多时3000人，气氛非常热烈，有力配合了政协会内的斗争。国民党当局连续派遣特务跟踪威胁到会的政协代表，并且采取放爆竹、敲小锣、扔石头的方式扰乱会场，谩骂、殴打会议主持人、政协代表和到会群众，打伤政协代表郭沫若、张东荪等人，制造了“沧白堂事件”。民盟政协代表黄炎培、张申府家遭到国民党宪警的非法搜查，激起公愤。
1946年1月31日，经过会内会外的激烈斗争，会议通过了政府组织案、国民大会案、和平建国纲领、军事问题案、宪法草案等5项协议。
政协协议虽然不同于中国共产党所主张的新民主主义纲领，但是，它公开地否定了蒋介石的一党专政和内战政策，确定了民主改革的方向，基本上符合全国人民的和平民主愿望，不利于国民党一党专政的独裁统治，因而受到人民群众的欢迎。协议较多地吸收了中间人士的意见，这使中间人士尤其感到振奋。政协协议的通过，是中国共产党与民主党派、爱国民主人士密切合作，并同国民党中坚持民主进步人士共同努力的结果，是中国人民在政治上的重大胜利。
