1936年7月，中共中央成立了少数民族工作委员会，设立中共中央蒙古工作委员会。8月，中央关于内蒙古工作的指示信提出，建立民族统一战线，不但应当团结蒙古广大平民群众，并且应当把王公、军人、喇嘛、知识分子也都团结在内。根据蒙古民族的社会发展情况和王公、喇嘛等在群众中的地位和信仰，应当欢迎他们中的进步分子成为目前民族运动的领导者，同时组织与吸引广大群众到斗争中来，以壮大抗日力量。9月，成立中共中央定边少数民族工作委员会，任李维汉为书记。

1937年7月，成立中共中央少数民族工作委员会，任高岗为书记，下设回民工作部和蒙古工作部。1938年11月，中共中央成立西北工作委员会(简称西北工委)，主持除陕甘宁边区以外的西北地区地下党的工作，尤其是少数民族工作，并把过去负责民族工作的机构合并进来；还专门设立民族问题研究室，系统进行中国少数民族问题的研究工作。

1937年8月，中共中央在抗日救国十大纲领中提出动员蒙古族、回族及一切少数民族共同抗日的方针。在党的六届六中全会上，毛泽东在《论新阶段》报告中提出：允许蒙、回、藏、苗、彝、畲各民族与汉族有平等的权利，在共同对日的原则之下，有自己管理自己事务之权，同时与汉族联合建立统一的国家。

1940年4月和7月，中共中央先后原则上批准西北工委起草的《关于回回民族问题的提纲》和《关于抗战中蒙古民族问题提纲》。文件规定了实行民族平等，尊重民族文化、风俗习惯和宗教信仰，帮助改善与提高各少数民族人民生活水平，改善各民族关系等具体政策。这是党在抗战期间开展民族工作的重要指导性文件。1941年5月公布的《陕甘宁边区施政纲领》，具体提出了“建立蒙回民族的自治区”，这是中国共产党解决民族问题的一个创造。民族区域自治后来成为党处理少数民族问题的一项基本政策。

1937年在中央党校举办少数民族班，1939年至1940年在陕北公学成立蒙古青年队、少数民族工作队和民族部等。1941年9月中共中央在延安创办的民族学院，是党培养少数民族干部和研究少数民族问题的专门机构。第一次招收蒙、回、藏、苗、彝、满、汉等各族青年300多名。学员毕业后，纷纷奔赴民族地区或抗日战场，进一步加强了民族间的合作和团结，巩固了抗日民族统一战线。

在大革命时期，党在多个会议决议案中提出对宗教问题要持慎重态度，告诫党员不要故意制造与宗教信徒发生实际冲突的机会。土地革命时期，党提出了保证工农信教自由的主张。1935年红军长征到达陕北后，不仅明确了宗教信仰自由的原则，而且还提出了对信教群众、神职人员及宗教场所实行保护的政策，在根据地产生了积极的政治影响。抗日战争时期，党不断完善宗教政策。

1938年1月，《晋察冀边区军政民代表大会决议案》指出，边区政府应扶植民众团体之组织，予人民以集会、结社、言论和出版、信仰等自由；在选举条例中，规定凡在边区境内之人民，不分性别、职业、民族、阶级、党派、信仰、文化程度、居住年限，年满18岁者，经选举委员会登记后，均有选举权及被选举权。《陕甘宁边区施政纲领》规定：保证一切抗日人民（地主、资本家、农民、工人等）的信仰自由权，尊重蒙、回民族的宗教信仰与风俗习惯。1942年2月15日《新华日报》发表的《共产党对宗教的态度》社论，较为完整、系统地阐述了党的宗教信仰自由政策，即绝不去强迫别人遵从自己的信仰。各人有各人的宗教信仰自由，每个人有举行自己所信奉的这一种或那一种宗教仪式的自由。同时，每个人也有不属于任何宗教团体而保持自己不信宗教的自由。

在这些政策的影响下，很多宗教界人士积极建言献策，许多人参加了“三三制”政权，成为根据地的建设者和保卫者。

1940年1月，毛泽东在《新民主主义论》中明确指出：共产党员可以和某些唯心论者甚至宗教徒，建立在政治行动上的反帝反封建的统一战线。

聂荣臻积极支持五台山僧人要求，团结僧侣参加边区建设和抗日工作。一些宗教界领袖走上了与共产党长期合作的道路。1941年5月，《陕甘宁边区施政纲领》明确规定：允许任何外国人到边区游历、参加抗日工作，或在边区进行实业文化与宗教的活动。1942年1月，中共中央明确提出对传教士要进行团结和保护。1944年来延安考察的美国著名记者斯坦因将访问陕甘宁边区的经历写进自己的书中，他说：亲眼所见延安有500个基督教徒，没有一个因宗教信仰蒙受不利。这些对抗日根据地宗教状况的真实报道，打破了国民党当局对根据地的封锁，使当时盛传“共产党消灭宗教”的谣言不攻自破。